Il nome Sant'Elia deriva da un eremita e anacoreta sardo, chiamato Elia, che visse nel IV secolo. Martirizzato durante il periodo di Diocleziano, fu sepolto sul colle che prese il suo nome. Il promontorio di Sant'Elia fu abitato sin dal VI millennio a.C. In epoca fenicia, vi era un luogo di culto dedicato alla dea Astarte. Nel XVI secolo, i Carmelitani occuparono l'intera area, dando al promontorio il nome di Sant'Elia in onore del profeta dell'Antico Testamento. Nel basso Medioevo, i monaci vittorini costruirono un tempio dedicato all'anacoreta, chiamato Sant'Elia al Monte. Nel corso dei secoli, il colle di Sant'Elia fu conteso tra diverse dominazioni, tra cui Pisani, Aragonesi e Sabaudi. Il promontorio di Sant'Elia ospita importanti testimonianze storiche e archeologiche, come la Torre del Prezzemolo, costruita nel XVI secolo a difesa della costa, e il Lazzaretto, originariamente luogo di isolamento per malattie contagiose e oggi adibito a centro culturale. 

  Durante la Seconda Guerra Mondiale, Cagliari fu ripetutamente bombardata dalle forze alleate. Le incursioni aeree causarono ingenti danni e numerose vittime tra la popolazione civile. Di fronte alla distruzione della città, molti cagliaritani cercarono rifugio nelle zone circostanti, considerate più sicure. Tra i luoghi che accolsero un gran numero di sfollati vi era il Lazzaretto di Sant'Elia. Questa struttura, originariamente adibita all'isolamento dei malati contagiosi, divenne un rifugio di fortuna per coloro che avevano perso la casa o che temevano per la propria incolumità. Le persone che si rifugiarono a Sant'Elia spesso si adattarono a vivere in condizioni precarie, utilizzando le strutture esistenti del Lazzaretto o costruendo baracche di fortuna con materiali di recupero.

  Il colle di Sant'Elia, con le sue grotte e anfratti naturali, offrì ulteriori ripari di fortuna. La vita a Sant'Elia durante la guerra era difficile. Le risorse erano scarse e la paura dei bombardamenti era costante. Tuttavia, la comunità che si formò nel Lazzaretto sviluppò un forte senso di solidarietà e mutuo aiuto, cercando di superare insieme le difficoltà del momento. Nel dopoguerra, molti di coloro che avevano trovato rifugio a Sant'Elia decisero di rimanere, dando vita a una comunità di pescatori. Il Lazzaretto divenne il nucleo iniziale del Borgo Sant'Elia, che si sviluppò negli anni successivi con la costruzione di nuove abitazioni e servizi.